如果增值税发票超过认证期限90天而未认证，就不能再认证了，对方也不能再返还还冲红票，重开新票了。（除非销售方愿意再交一次税） 。
根据《国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知》国税发[2006]156号第14条的规定：一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。

注意这里强调的是对应蓝字发票必须经过认证，由于已经超过90天不能再认证，所以，税务机关不能出具《开具红字增值税专用发票申请单》。
税务总局这么规定主要是促使企业尽早认证进项票，避免在稽核系统中形成大量的滞留票。 字串3